У стен Московского Кремля стали создаваться государевы аптекарские огороды (ныне. Александровский сад). Число их постоянно росло. Так, в 1657 г. по указу царя Алексея Михайловича (1645–1676) было велено "Государев Аптекарский двор и огород перенесть …от Кремля-города за Мясницкие ворота и устроить в огородной слободе на пустых местах". Вскоре аптекарские огороды появились у Каменного моста, в Немецкой слободе и на других московских окраинах, например, на территории нынешнего Ботанического сада. Посадки в них производились в соответствии с распоряжениями Аптекарского приказа.
В некоторых случаях специалисты по закупке лекарственных средств направлялись в другие города. Значительная часть лекарственного сырья для аптек выписывалась "из-за моря" (Аравии, стран Западной Европы – Германии, Голландии, Англии). Аптекарский приказ рассылал свои грамоты иноземным специалистам, которые направляли в Москву требуемые лекарственные средства. Об этом свидетельствует сохранившаяся переписка. Например, в 1662 г. Ивашко Гебдон писал русскому царю из Лондона: "…прислана мне твоя грамота из Аптекарского приказу, а велено мне иноземцу купить… аптекарских запасов против росписи,– и купя… послать их на кораблях к Архангельскому городу… И те аптекарские запасы покладены в шести сундуках да в двух боченках да в одном тючке и наклеймены и отпущены на кораблях к Архангельскому городу. …К Москве на подводах летним путем с великим бережением".
В начале XVII в. иноземные врачи пользовались в Московском государстве значительными привилегиями. Подготовка русских лекарей в то время носила ремесленный характер: ученик в течение ряда лет обучался у одного или нескольких лекарей, затем несколько лет служил в полку в качестве лекарского помощника. Иногда Аптекарский приказ назначал проверочное испытание (экзамен), после чего произведенному в звание русского лекаря выдавали набор хирургических инструментов.
Первая государственная Лекарская школа в России была открыта в 1654 г. при Аптекарском приказе на средства государственной казны. Принимали в нее детей стрельцов, духовенства и служилых людей. Обучение включало сбор трав, работу в аптеке и практику в полку. Кроме того, ученики изучали анатомию, фармацию, латинский язык, диагностику болезней и способы их лечения. В качестве учебников служили .народные травники и лечебники, а также "докторские сказки" (истории болезней). Во время военных действий функционировали костоправные школы. Преподавание велось у постели больного – в России не было той схоластики, которая господствовала в то время в Западной Европе.
Анатомия в лекарской школе преподавалась наглядно: по костным препаратам и анатомическим рисункам, учебных пособий еще не было.
В XVII в. в Россию проникли идеи европейского Возрождения, а вместе с ними " некоторые медицинские книги (см. схему 5). В 1657 г. монаху Чудова монастыря Епифанию Славинецко-му был поручен перевод сокращенного труда Андреаса Везалия "Эпитоме" (изданного в Амстердаме в 1642 г.). Е. Славинецкий (1609–1675) был весьма образованным человеком, он окончил Краковский университет и преподавал сначала в Киево-Могилянской академии, а затем – в Лекарской школе при Аптекарском приказе в Москве. Сделанный им перевод труда Везалия явился первой в России книгой по научной анатомии. Долгое время она хранилась в Синодальной библиотеке, но во время Отечественной войны 1812 г. погибла при пожаре Москвы.
Аптекарский приказ предъявлял к ученикам Лекарской школы высокие требования. Принятые на учебу обещали: "…никому зла не учинить и не пить и не бражничать и никаким воровством не воровать…" Обучение длилось 5–7 лет. Лекарские помощники, прикрепленные к иноземным специалистам, учились от 3 до 12 лет. В разные годы количество учеников колебалось от Ю до 40. Первый выпуск Лекарской школы ввиду большой нехватки полковых лекарей состоялся досрочно в 1658 г. Функционировала школа нерегулярно. За 50 лет она подготовила около 100 русских лекарей. Большая их часть служила в полках. Систематическая подготовка врачебных кадров в России началась в XVIII в.
Лекари, которые оказывали врачебную помощь гражданскому населению, чаще всего лечили на дому или в русской бане. Стационарной медицинской помощи в то время практически не существовало.
При монастырях продолжали строить монастырские больницы. В 1635 г. при Троице-Сергиевской лавре были сооружены двухэтажные больничные палаты, которые сохранились до наших дней, так же как и больничные палаты Ново-Девичьего, Кирилло-Белозерского и других монастырей. В Московском государстве монастыри имели важное оборонное значение. Поэтому во времена вражеских нашествий на базе их больничных палат создавались временные госпитали для лечения раненых. И несмотря на то, что Аптекарский приказ монастырской медициной не занимался, в военное время содержание больных и врачебное обслуживание во временных военных госпиталях на территории монастырей осуществлялось за счет государства. Это было важной отличительной особенностью русской медицины XVII в. Первые доктора медицины из российских людей появились в XV в. Среди них Георгий из Дрогобыча, получивший степень доктора философии и медицины в Университете г. Болонья (современная Италия) и преподававший впоследствии в Болонье и Кракове. Его труд "Прогностическое суждение текущего 1483 г. Георгия Дрогобыча с Руси, доктора медицины Болонского университета", изданный в Риме, является первой печатной книгой российского автора за рубежом. В 1512 г. степень доктора медицины в Падуе (современная Италия) получил Фран-, циск Скорина из Полоцка. В 1696 г. также в Падуанском университете степени доктора медицины был удостоен П. В. Посников; будучи весьма образованным человеком, он впоследствии служил российским послом в Голландии (см. с. 259).