Система обучения была рассчитана на приобретение чисто светского образования. Виднейшие деятели церкви Василий Великий, Григорий Богослов, Григорий Нисский получили блестящее светское образование в лучших грамматических, риторских и философских школах империи.
Отношение представителей духовенства к философскому образованию было двояким: чрезмерное увлечение философией, по их мнению, могло привести к ереси и в то же время философия была необходима при подготовке образованных служителей церкви. В итоге философия рассматривалась как предварительная ступень к изучению богословия и являлась, таким образом, как бы "служебным инструментом" богословия, которое определялось как венец и цель всех наук.
Монастырских школ в Византии было сравнительно мало. Право их посещать имели только будущие монахи. Образование, получаемое в монастырях, было чисто религиозным (скорее духовно-аскетическим, нежели интеллектуальным).
Медицина входила в программу византийского образования и преподавалась в тесной связи с четырьмя основными предметами высшей позднеантичной школы – математикой, геометрией, астрономией и музыкой, которые объединялись под названием "Quadri-vium" (лат. – четырехпутье). Помимо них полный курс византийской высшей школы включал изучение грамматики, диалектики и риторики (с IX в. их совокупность стали называть "Trivium"). Перечисленные семь "свободных искусств" (лат. – artes liberates, греч. эквивалент – enkiklios paideia) составляли основное содержание высшего общего образования уже в период поздней античности; они сохранялись на протяжении почти целого тысячелетия и в средние века легли в основу факультетов свободных искусств в университетах Западной Европы.
Несмотря на свой практический характер, медицина в Византии продолжала считаться теоретической дисциплиной и изучалась по сочинениям великих медиков античности (христианская религия запрещала пролитие крови и анатомирование трупов). Особое внимание уделялось приемам лечения, выработанным в предшествующие столетия, и изучению лекарственных средств.
В ранне-византийский период наибольшей известностью пользовалась александрийская школа: учиться в ней стремились все, желающие стать врачами. В поздней Византии крупными центрами медицинского образования стали школы в Константинополе и Охриде (Македония).
По свидетельству современников, обучение медицине носило характер дискуссии. По окончании образования, сдачи экзаменов специально назначенной коллегии врачей и получения соответствующих свидетельств окончившие медицинские школы могли получить государственные должности и звание архиатра. Однако в большинстве случаев они занимались частной практикой.
В истории науки наследие Византии не может рассматриваться как достояние одной страны – на ее обширной территории располагаются ныне Греция и Болгария, Югославия и Румыния, Турция и Венгрия, Италия и Египет и многие другие страны Средиземноморья. За 10 веков своей истории Византия смогла сохранить и систематизировать античное наследие, а также создала оригинальную средневековую культуру, которая оказала большое влияние на развитие культуры и медицины многих народов мира.